
O anime narra a saga dos irmãos Edward (o baix.. er... o loiro) e Alphonse (o grandão) em busca da pedra filosofal. Ok, tá "normal", mas vamos do começo de tudo:
Durante a infância, Ed e Al foram criados pela mãe, a qual amavam e por ela erm amados. Tinham uma vida feliz em uma vila pequena, longe de qualquer preocupação. Os dois irmãos brincavam de alquimia, que aprenderam nos livros do pai, que deixara a família para se alistar como alquimista federal. As brincadeiras dos irmãos deixavam a mãe dele feliz, por assim lembrar do pai deles. Um fatídico dia, a mãe deles morreu, e os irmãos, desesperados, tentaram a alquimia humana para trazer a mãe de volta, mesmo sabendo que era arriscado e proibido. Havia algo, porém, que os irmãos Elric não esperavam: existe uma regra na alquimia, chamada de "troca equivalente", na qual uma coisa só pode ser transformada em outra na mesma quantidade e massa. Os Elric conheciam essa regra, mas não sabiam que, para uma vida humana não há sacrifício equivalente. Como resultado, a reação tentou buscar o preço da troca: Ed perdeu uma perna e Al perdeu o corpo inteiro. Para salvar o irmão, Ed sacrificou o braço para selar a alma de Al em uma armadura. Ainda assim, a transmutação foi um fracasso.
O exército tomou conhecimento do ocorrido e convocou Ed para ser um alquimista federal, e este leva Al junto. Após a entrada no exército, começa a vedadeira jornada: a busca pela pedra filosofal, que poderia trazer o corpo de Al e a perna e o braço de Ed (porém, nota-se que eles ainda têm o desejo de ver a mãe deles mais uma vez, e possivelmente, de mais uma vez tentar revivê-la, usando a pedra filosofal - Al deixa isso claro no segundo episódio).

Esse é um ponto, aliás que eu gostaria de comentar: a violência nesse desenho. Ela é tratada com certa naturalidade, sem tantos exageros e sem ser "gratuita" (cada cena violenta tem seu motivo). Além disso, o estilo de animação torna, mesmo as cenas um pouco mais violentas, não muito agressivas. Ou seja, a violência torna-se suportável, e às vezes passa batida, ao contrário do enfoque em outros desenhos (como Gantz, onde cérebros são roineiramente vistos escorrendo para fora dos crânios e pessoas aparecem cortadas ao meio com naturalidade, ou como Hellsing e Tsukihime, que... err... esses é melhor não comentar ^^). Acredito que, infelizmente, esse seja um fator que impede esse anime de ser exibido em TV aberta, pois traz cenas fortes demais para uma criança de 10 anos, por exemplo [ se Inuyasha durou pouco tempo na TV e tinha algumas das cenas de violência mais censuradas que eu já vi, eu imagino FMA O.o]. Ok, Yu-Yu Hakusho era, talvez, mais violento que FMA e era exibido em TV aberta... Sei lá... Se exibirem FMA, tamos no lucro ^^.
EDIT: Anos depois, FMA foi realmente exibido na TV aberta. Lamentavelemnte, porém, foi fortemente censurado, teve cenas editadas de forma ridícula e o episódio final (editado pra quase a metade da duração original) ficou simplesmente sem sentido. Amo vocês, rede RedeTV. /ironia

Resumundo, apesar de só ter 51 episódios (além de um filme), Fullmetal Alchemist tem tudo para ser um dos melhores animes já criados.